เรื่องราวว่าด้วยบันทึกลับที่มีบันทึกมีรายละเอียดอยู่ในหนังสือประวัติศาสตร์ของโชซอน เกี่ยวกับเรื่องราวลี้ลับมหัศจรรย์ รวมถึงเรื่องราวเหนือธรรมชาติที่ไม่อาจพิสูจน์ได้ด้วยวิทยาศาสตร์หรือทฤษฏีใดๆ คิมฮยองโด ชายหนุ่มผู้มีตำแหน่งเป็นเจ้าหน้าที่ตรวจสอบของรัฐบาล เขามีจิตใจที่มุ่งมั่นหนักแน่น ที่จะปราบปรามผู้กระทำผิด และสิ่งนั้นเองก็นำเขาไปสู่สิ่งเรื่องลึกลับแปลกประหลาด ฮอยูนยี สาวสวย พนักงานของรัฐ ผู้ช่วยของคิมฮยองโด เธอพยายามที่จะเปิดใจ และทำความเข้าใจในเหตุการณ์ที่ลึกลับเหล่านั้น แต่ในทางกลับกันเธอกลับชอบดูถูก และมีความเห็นไม่ตรงกับคิมฮยองโดเสมอ และเรื่องราวการตามหาความจริงก็เริ่มต้นขึ้น เขาและเธอจะพบกับบทสรุปแบบไหน ต้องติดตามชมและร่วมลุ้นไปกับทั้งคู่ใน "บันทึกลับคดีพิศวง โชซอน เอ็กซ์ ไฟล์"