Deep Blue Sea 2 เป็นเรื่องราวของโครงการลับสุดยอดภายใต้เงินทุนของมหาเศรษฐีคนหนึ่ง โดยนักอนุรักษ์ปลาฉลาม ดร.มิสตี้ คาลฮูน ได้รับเชิญมาเป็นที่ปรึกษาและพบว่าโครงการนี้นำฉลามหัวบาตรมาทดลองโดยการดัดแปลงพฤติกรรม แต่มีผลดีย่อมมีผลเสียเมื่อฝูงฉลามทดลองต้องการเป็นอิสระและมันจะฆ่าทุกสิ่งที่ขวางทางมัน